Valstybės įmonė „Gyvulių produktyvumo kontrolė” įsteigta Lietuvos Respublikos žemės ir miškų ūkio ministerijos 1998 m. vasario 3 d. įsakymu Nr. 41 „Dėl valstybės įmonės „Pieno tyrimai“ reorganizavimo”. Reorganizavus valstybės įmonę „Pieno tyrimai”, skaidymo būdu atskirta gyvulių produktyvumo kontrolės tarnyba bei įsteigta nauja Valstybės įmonė „Gyvulių produktyvumo kontrolė”, tęsia gyvulių produktyvumo kontrolės tarnybos veiklą ir yra visų gyvulių produktyvumo kontrolės tarnybos teisių ir prievolių perėmėja.
    2003 m. įmonėje įkurta Pieno kiekio matuoklių techninės priežiūros ir kalibravimo laboratorija kuri nuo 2004 m. gegužės mėnesio vykdo mechaninių pieno kiekio matuoklių priežiūrą ir kalibravimą, 2006 metų rudenį pradėjo kalibruoti elektroninius pieno kiekio matuoklius ir pakabinamas svarstykles naudojamas gyvulių produktyvumo kontrolėje.    
    Šiuo metu įmonėje dirba 420 darbuotojų.
    Įmonės vizija – tapti stipria, patikima ir aukštos kokybės paslaugas teikiančia įmone, bendradarbiaujančia su kontroliuojamų bandų savininkais, su pripažintomis veislininkystės institucijomis, su institucijomis administruojančiomis Valstybės ir ES lėšas skirtas plėtoti gyvulininkystės verslą, bei mokslo ir studijų institucijomis.
   Įmonės misija ir strateginiai tikslai:
   – vykdyti Valstybės pavestas funkcijas veislininkystės srityje;
   – vykdyti patikimą gyvulių produktyvumo kontrolę, ją plėtoti ir modernizuoti pagal Europos standartus, įgyvendinant žemės ūkio ir kaimo plėtros strategiją.